Isula Rossa, qui signifie île rouge, tire son nom des îlots de porphyre situés au bord de sa côte. Le lieu est habité depuis la préhistoire et cité par Ptolémée. Déjà les romains l’avaient baptisée Rubico Rocega, le rocher rouge.

La cité, prospère sous l’antiquité, disparut sous les raids barbaresques, et n’était qu’un modeste port de pêche au Moyen-Âge.
La ville telle qu’on la voit aujourd’hui fut fondée en 1758 par Pasquale Paoli, pour concurrencer Algajola et Calvi, cette dernière étant fidèle aux génois. Le Parc de Saleccia Paoli avait surtout besoin d’un débouché maritime en Balagne, les génois ayant imposé le blocus. C’est ainsi que commença la construction du port de l’Île Rousse. Dès 1805, elle devient une commune à part entière (elle dépendait autrefois de Santa Reparata).

De l’ancien port fondé par Pascal Paoli, il reste encore quelques vestiges de fortifications et la caserne, qui est aujourd’hui l’hôtel de ville. Depuis la presqu’île, on aperçoit une tour génoise du XVe siècle qui servait à défendre la cité.